Campeonato Baiano de 2006 começa no dia 8 de janeiro e vai até o dia 4 de junho de 2006, segundo cronograma definido pela Federação Bahiana de Futebol (FBF). No primeiro turno, os times do Grupo 1 jogarão contra os times do Grupo 2, em sistema de ida e volta, classificando-se oito associações (quatro de cada grupo) para as quartas-de-final.
As quartas-de-final serão no sistema de jogos de ida e volta (mata-mata), classificando-se duas associações de cada grupo para a semifinal. Também no sistema de jogos de ida e volta (mata-mata), as semifinais classificarão o vencedor de cada grupo para a grande decisão, também em jogos de ida e volta.

No primeiro turno, serão realizados 72 jogos na fase de classificação; 8 nas quartas-de-final; 4 nas semifinais; e 2 nas finais, totalizando 86 jogos. Serão no mínimo dois e no máximo quatro Ba-Vis e cada equipe realizará o mínimo de 12 e o máximo de 18 jogos. A fase classificatória irá de 8 de janeiro a 19 de fevereiro. As quartas-de-final serão nos dias 2 e 5 de março, as semifinais nos dias 12 e 19 de março e as finais nos dias 26 e 29 de março.

No segundo turno, a composição dos grupos (veja abaixo os grupos) será a mesma do primeiro. Os jogos, no entanto, serão de ida e volta dentro dos respectivos grupos, classificando-se para as quartas-de-final as quatro primeiras associações de cada grupo. As quartas-de-final obedecerão ao mesmo sistema de jogos de ida e volta (mata-mata), classificando-se duas associações de cada grupo para a semifinal. Diferentemente da fase de classificação, os times de um grupo jogarão contra os do outro. Também no sistema de jogos de ida e volta (mata-mata), as semifinais classificarão o vencedor de cada grupo para a grande decisão, também em jogos de ida e volta e com os times de um grupo enfrentando os do outro.

A fase de classificação terá 60 jogos, no período de 2 de abril a 3 de maio. As quartas-de-final serão nos dias 7 e 10 e maio, as semifinais nos dias 14 e 17 de maio e as finais nos dias 21 e 24 de maio. As datas de 28 de maio e 4 de junho foram reservadas para a decisão do título caso um mesmo time não conquiste os dois turnos.

As duas piores equipes de cada turno disputarão o rebaixamento para a Segunda Divisão, em jogos de ida e volta. Caso uma mesma associação faça a pior campanha nos dois turnos, automaticamente, estará rebaixada. As datas reservadas para os jogos são de 14 e 21 de maio. As duas equipes melhores colocadas em todo o Campeonato terão acesso à Série C em 2006. A primeira colocada será beneficiada com ajuda de custos bancada pela CBF, juntamente com Vitória e Bahia, que disputarão a competição em conseqüência do rebaixamento este ano.

FBF